Das Abkommen sieht folgende Etappen vor:ab 01.06.2004:
Alle Benachteiligungen bezüglich der Kontrolle der Lohn- und anderer Arbeitsbedingungen werden aufgehoben. Gleichzeitig treten jedoch die flankierenden Maßnahmen in Kraft. Die Schweiz gewährt der EU ein Vorzugskontingent für Aufenthaltsbewilligungen. Die EU–Staaten verzichten im Gegenzug darauf, den Arbeitnehmern aus der Gemeinschaft Vorrang einzuräumen. Damit verfügen die Schweizer de facto über die Personenfreizügigkeit.
ab 01.06.2007:
Die Kontingente für EU–Bürger in der Schweiz werden aufgehoben, d. h. sobald ein EU–Bürger in der Schweiz über einen Arbeitsvertrag verfügt, wird ihm die Aufenthaltsbewilligung automatisch gewährt– und damit auch das Recht, in der Schweiz zu arbeiten. Der freie Personenverkehr wird jedoch "auf Probe" eingeführt. Im Fall einer massiven Erhöhung des Zuzugs von EU-Arbeitskräften (über 10% des Durchschnitts der drei vorangegangenen Jahre) kann die Schweiz bis zum zwölften Jahr nach Inkrafttreten während jeweils einem Jahr einseitig wieder Kontingente einführen (Schutzklausel)Neben den Kontingenten werden nach fünf Jahren auch die Grenzzonen für Grenzgänger abgeschafft.
ab 01.06.2009:
Der Vertrag zwischen der Schweiz und der EU wurde vorerst für eine Dauer von sieben Jahren abgeschlossen. Danach können sich beide Seiten zur Weiterführung des Vertrages äußern. Der Schweizer Bundesrat und das Parlament werden aufgrund der gemachten Erfahrungen entscheiden. Die Entscheidung kann auch Gegenstand eines Referendums sein. Falls das Referendum zustande kommt, muß auch das Schweizer Volk die Fortsetzung des Vertrages gutheißen. Sollten nach sieben Jahren weder die Schweizer noch die EU gegen das Abkommen entscheiden, wird der Vertrag auf unbestimmte Zeit weitergeführt.
ab 01.06.2014:
Vorausgesetzt, das Abkommen wird nach Ablauf des siebten Jahres verlängert, gilt nach zwölf Jahren sowohl für die EU als auch für die Schweiz die volle Freizügigkeit. Sollten in einem Vertragsstaat schwerwiegende wirtschaftliche oder soziale Probleme auftreten, kann sich der betreffende Staat jedoch weiterhin auf eine Schutzklausel berufen. Für die Anwendung der Schutzklausel ist ein gemischter Ausschuß Schweiz–EU zuständig.